Nous sommes en 1999, proches du jour tant attendu de la promesse. Kamui Shiro est une jeune lycéen, parti en catastrophe il y a six ans avec sa mère, laissant ses deux meileurs amis, Fuma et Kotori Mono derrière lui. Et aujourd'hui, suite à la mort de sa mère, il revient dans sa ville natale pour affronter son destin. Et ce n'est pas une mince affaire, car il est "Kamui", celui qui fera pencher la balance en faveur des Dragons de la Terre ou des Dragons du Ciel. Les premiers sont pour une destruction de la civilisation et de la race humaine, pour libérer la Terre de leur influence néfaste, et les second, capables de créer des kekkai (sortes de boucliers de protection), veulent à tout prix préserver l'humanité. Quel que soit le camp qu'il choisisse (les dragons du ciel étant menés par Kanoe, les autres par Hinoto, sa soeur), Fuma sera son antagoniste : la où le "vrai" Kamui ne se trouvera pas, Fuma prendra sa place... pour un duel à mort. L'avenir de la Terre dépendra de son unique décicion.