Kyon est un étudiant ordinaire, tout ce qu'il y a de plus normal. Mais le destin en a décidé autrement puisque le jour de sa rentrée en seconde il fait la connaissance de Haruhi Suzumiya... Cette jeune fille extravertie et excentrique s'ennuie dans ce lycée où il n'y a que des gens ordinaires qui font des activités ordinaires. Son unique but dans la vie : trouver des extraterrestres, des voyageurs dans le temps, des êtres extraordinaires pour rendre la vie un peu moins ennuyeuse. C'est alors qu'elle fonde le club S.O.S. avec l'aide de Kyon.