Un homme nommé Adam Kane, scientifique de renom, décide de devenir hors-la-loi lorsqu'il découvre que son travail a été détourné par son ami et associé, Mason Eckhart. En effet, pionnier de la génétique dans une société du nom de Genome X, Adam a eu recours à des manipulations de l'ADN afin de guérir des maladies et cas cliniques incurables dignostiquées sur des enfants en phase terminale. A l'issue de ces manipulations, ces enfants se sont découverts des dons qui dépassent l'entendement et les lois de la physique. Conscient des dangers qu'ils courent à vivre parmi les hommes, Adam s'enfuit de Genome X en emportant la base de données de tous les mutants qu'il a créé. Désormais, son seul but sera de mettre les enfants de Genome X en lieu sûr afin de les écarter des agissements de Mason Eckhart qui tient à tous les traquer pour les disséquer et les maintenir sous sa domination.

Adam s'isole du reste du monde et crée le Sanctuaire, un endroit où il pourra, à l'aide de ses coéquipiers, mener ses investigations sans crainte d'être débusqué. Il réunit ensuite une équipe de quatre hommes et femmes : Shalimar, Jesse, Emma et Brennan, tous issus des quatre familles de nouveaux mutants : félin, moléculaire, psionique et élémentaire. Ainsi, il crée Mutant X. Avec leur aide, Adam tentera de retrouver tous les nouveaux mutants égarés afin de leur offrir une nouvelle vie dans les mondes souterains, loin de l'ASG (Agence de Sécurité Génétique) dirigée par Eckhart et ses acolytes.