L'histoire se déroule dans un monde désolé recouvert de neige et d'étendues désertiques. La majorité des hommes vivent dans des villes recouvertes de grands dômes afin de se protéger du climat extérieur mais la pauvreté reste bien présente.

Cela fait 200 ans que les loups ont été exterminés et ceux qui se rappellent encore de leur existence sont rares et n'en parlent qu'à travers des légendes.

Pourtant ils errent encore, les loups. Ils peuvent prendre une apparence humaine et tromper le regard des humains. Ainsi, ils sont en mesure de se fondre parmi eux pour se protéger. Une prophétie raconte que leur réapparition signifiera la fin du monde. Sous la lune rouge, ils chercheront leur paradis (rakuen en japonais) et seuls eux pourront y entrer, s'en sera alors fini de l'humanité.

Un jour, Kiba, un loup blanc, entend un appel au fond de lui qui lui dit de trouver cet Eden perdu. Sur les traces de Cheza, la fleur de lune, il est bien vite rejoint par Hige, Toboe et Tsume, trois autres loups qui ne veulent plus vivre cachés parmi les humains. Commence alors pour la meute, la quête du Paradis et un voyage qui s'annonce plein de difficultés…